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【R言語】パッケージのインストール CRAN, GitHub, Bioconductor

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【R言語】パッケージのインストール CRAN, GitHub, Bioconductor

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R言語のパッケージのインストールの仕方についてまとめました。

この記事では、以下のようにCRANだけでなくや他のgit等のリモートリポジトリからパッケージをインストールする手順を解説しています。

  • CRAN
  • GitHub
  • Bioconductor

この記事で用いるプログラミングコードは以下からダウンロードできます。

パッケージのインストール

R言語では関数を実行することでパッケージをインストールすることができます。

CRANやGitHub用の様々なインストール用の関数があります。

CRAN

次の関数install.packagesでCRAN上のパッケージをインストールすることができます。

install.packages(pkgs, lib, repos = getOption("repos"),
contriburl = contrib.url(repos, type),
method, available = NULL, destdir = NULL,
dependencies = NA, type = getOption("pkgType"),
configure.args = getOption("configure.args"),
configure.vars = getOption("configure.vars"),
clean = FALSE, Ncpus = getOption("Ncpus", 1L),
verbose = getOption("verbose"), libs_only = FALSE,
INSTALL_opts, quiet = FALSE, keep_outputs = FALSE, …)

関数install.packagesの引数は次の通りです。

関数install.packagesの引数
pkgsパッケージ名のcharacter型のベクトル
libインストール先のlibraryのディレクトリを表すcharacter型のベクトル。
reposcharacter型のベクトル。インストールの際のリポジトリのURL。
contriburlリポジトリにおけるcontribのURL。
methodダウンロードの方法。
availableavailable.packagesで返される行列。リポジトリで利用可能なパッケージのリストを返す。
destdirダウンロードしたパッケージを保存するディレクトリ。
dependencieslogical型。インストールする対象のパッケージが依存するパッケージもインストールするかどうか指定する。
typecharacter型。ダウンロード、インストールするパッケージの型を指定する。
configure.argsパッケージに含まれるconfigureファイルに渡す引数。
configure.varsパッケージに含まれるconfigureファイルに渡す変数。
cleanlogical型。インストールの際の中間ファイルを除去するかどうか指定する。
Ncpus1つ以上のパッケージをインストールする際に実行させる並行プロセス数。
verboselogical型。インストールの進捗を返すかどうか。
libs_onlylogical型。libs-onlyオプションを適用するかどうか。
INSTALL_optsインストールの際のR CMD INSTALLに渡すオプションを表すcharacter型のベクトル。
quietlogical型。アウトプットの量を減らすかどうか。
keep_outputslogical型。現在の作業ディレクトリでのパッケージのインストールする際のアウトプットを保つかどうか。
...download.fileまたは他の関数に渡す引数。

GitHub

次のパッケージdevtoolsの関数install_githubでGitHub上のパッケージをインストールすることができます。

install_github(repo, username = NULL, ref = "master", subdir = NULL, auth_token = GitHub_pat(quiet), host = "https://api.GitHub.com", quiet = FALSE, ...)

関数install.packagesの引数は次の通りです。

関数install_githubの引数
repoリポジトリのURL。"username/repo[/subdir][@ref|#pull]"のように与える。
usernameリポジトリのユーザー名。
refgitの参照先。デフォルトで"master"。
subdirリポジトリ中のパッケージを含むサブディレクトリ。
auth_tokenプライベートリポジトリにアクセスする際のアクセストークン(PAT)。
hostGitHubのAPIホスト。
quietlogical型。この関数により生じるアウトプットをなくすかどうか。
...installに渡すその他の引数。

Bioconductor

次のパッケージBiocManagerの関数installでBioconductor上のパッケージをインストールすることができます。

install( pkgs = character(), ..., site_repository = character(), update = TRUE, ask = TRUE, checkBuilt = FALSE, force = FALSE, version = BiocManager::version() )

関数installの引数は次の通りです。

関数installの引数
pkgsパッケージ名のcharacter型のベクトル。
...install.packagesに渡すその他の引数。
site_repositorycharacter型のベクトル。インストールする際に指定したリポジトリ名の中で対象のパッケージを検索する。
updatelogical型。更新されてないパッケージをアップデートするかどうか。
asklogical型。パッケージのアップデートの前にユーザーに促すかどうか。
checkBuiltlogical型。インストールするパッケージのバージョンを確認するかどうか。
forcelogical型。パッケージの再ダウンロードを強制するかどうか。
versionインストール時のBioconductorのバージョンを表すcharacter型。

実行例

CRAN、GitHub、Bioconductorからパッケージをインストールする手順を以下にまとめました。

CRAN

CRANからパッケージをインストールする手順を見ていきます。

Rに標準で実装されている関数install.packagesを用いることで、CRAN上のパッケージをインストールすることができます。

install.packagesを実行すると、次の画像のようにコンソールにパッケージのインストールに関する情報が表示されます。

インストール1(CRAN)

インストールが完了すると、ggplot2の関数が実行できるようになります。

試しに関数ggplotを実行すると、Plotsのタブにggplot用のプロットエリア描画されます。

インストール2(CRAN)

また、次のように複数のパッケージを同時にインストールすることもできます。

libraryを用いると、パッケージ名::のようにコロン2つ付けないで、関数やオブジェクトを扱えるようになります。

GitHub

次にGitHubでパッケージをインストールする方法を紹介します。

GitHub上のパッケージをインストールするには、事前にinstall.packagesでdevtoolsをインストールする必要があります。

パッケージdevtoolsには、関数install_githubがあり、GitHub上のパッケージをインストールが可能です。

次を実行することで、GitHub上のパッケージdplyrをインストールすることができます。

Rtoolsがインストールされていない場合は、上を実行するとRtoolsのインストールを行うかどうかのポップアップが表示されます。

Rtoolsのインストールが完了すると下の画像のように、GitHubからのパッケージのインストールが開始されます。

System command 'Rcmd.exe' failedというエラーが出る場合は、いったんエディターを再起動してください。

インストール(GitHub)

Bioconductor

最後にBioconductor経由でのインストールの仕方について見ていきます。

Bioconductorには、遺伝子に関する様々なパッケージがあります。

Biostringsというゲノム配列に関するパッケージをインストールするには、次のように事前にBiocManagerというパッケージをインストールします。

インストールが完了したら、BiocManagerの関数installで対象のパッケージをインストールします。

実行すると、次の画像のようにBiostringsがインストールできたことがコンソールに表示されます。

インストール(Bioconductor)

まとめ

R言語でパッケージをインストールする方法を紹介しました。

CRAN上のパッケージをインストールしたい場合は、関数install.packages、GitHubはパッケージdevtoolsの関数install_github、BioconductorはパッケージBiocManagerの関数installを用います。

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usagi-san

統計学とゲームとかをメインに解説していくよ。 数式とかプログラミングコードにミスがあったり質問があったりする場合はコメントで受け付けます。すぐに対応します。

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